Родился в 1912 году в селе Синява ныне Ракитянского района Киевской области в семье крестьянина, украинец. Член КПСС с 1939 года. Окончил Высшее военно-морское училище. В ВМФ с 1933 года. Служил военпредом на заводе. Окончил Высшие специальные курсы комсостава ВМФ.
Участвовал в боях с первых месяцев Великой Отечественной войны. Командир 9 дивизиона катеров-тральщиков, 5 дивизиона сторожевых катеров (Туапсинская Военно-Морская база Черноморского Флота). Капитан-лейтенант Бондаренко М. Г. участвовал в обороне Одессы, Севастополя, Новороссийска, Туапсе, Керченско-Эльтигенской десантной операции. 7 ноября 1943 года отряд катеров во время очередного прорыва к плацдарму в районе поселка Эльтиген был атакован противником. Во время боя сторожевой катер 0—122, на котором находился Бондаренко М. Г. загорелся и затонул. Экипаж вел бой до последней минуты.
Звание Героя Советского Союза присвоено 22 января 1944 года посмертно. Награжден орденом Ленина, Красного Знамени, Красной Звезды.
Его именем названа улица в городе Туапсе, средняя школа в селе Синява.
